判断两种语言是否具有由亲缘关系，主要看语法对应、基础词汇对应以及语音对应。语法、基础词汇上，宁波话和日语相差极大。从“听起来像”的语音角度来说，两者也有很大区别。以《海曙区志》记载的当代城区口音为例，宁波话有1090个音节，日语只有100多个音节；宁波话元音也比日语丰富，有11个元音，日语只有5个元音。
（海曙方言声韵调）
（日语五十音图）
从图片可以了解到，两种语言音节数相差很大，且日语没声调。
有人会用“抲泥去挖” konnichia、“四面没山”sumimasen等与日语类似的音节来证明两者关系，但像konnichia的对应日语意思是“你好”，sumimasen是“对不起”，音虽相似，意思完全不同。要证明两者语音相关，相似的音节应该有相同或相似的意思才行。同样的这类例子，宁波话和英语也有，不能说英语也是宁波话传过去的，“三份saeven”与“七seven”相似，“定ding” 与“钟声ding” 相似，“星sing（上世纪30年代音）” 与“歌唱sing” 相似。
虽然不能说日语是宁波话传过，但从语言学的角度讲，宁波话和日语汉字音（注意，是汉字音）确实有关系，两者都继承古吴语和中古汉语的一些特征。
吴音是日本汉字音音读的一种，一般认为这批汉字读音在五至六世纪的南北朝时代从南朝直接或者经朝鲜半岛传入日本，南朝的大致统治区域便是如今中国的长江以南地区，国都和统治中心便在长三角地区，也就是今天的吴语区。
，宁波话和日语吴音都保留了浊音。古汉语清浊对立，但今汉语中只有吴语、老湘语等语言保留完整的全浊声母。普通话以及大多数汉语方言没有浊音，普通话中b[p]、d[t]、g[k]实为清音，为了书写方便，用浊音字母标记。日语仍旧有浊音，日语吴音保留中古汉语的清浊区别。比如，“定”dyau、“期”go仍旧保留浊音读法。
，宁波话和日语汉字音的见系二等开口字，读喉牙音。两者都和中古汉语一样，仍旧没腭化，而官话已经腭化读作了舌面音。比如，“假”，宁波话ko，日语吴音ke，普通话jia。但上述两个特征，也是北部吴语的共性，并非宁波话所特有。
除了继承古吴语和中古汉语的特征外，两者的语音发展轨迹有惊人的相似，造成了某些整组汉字音的雷同。
一是吴音日母字仍旧读n，“二”ni、“人”nin，对应的宁波话读音分别为nyi、nyin。
二是效摄字三四等字韵母和宁波话接近。如“朝”jou、“少”shou、，读音很接近当代宁波话的io（日语罗马字中，o后加u表示长音，声母ch、sh、j后面去掉介音是为了符合西方书写习惯）。恰巧的是，由于日语和宁波话一样，都保留了知组三等字的介音，相对失去介音的普通话和北吴方言（如上海话），“朝”、“少”之类字，宁波话听起来就接近日语了。
三是臻摄开口三等字两者同韵。尤其是知组字，两者不但都保留介音，而且韵母都是in，因而不少字吴音和宁波话读音恰好是一样，如“申”shin、“辰”jin。
四是流摄字韵母相似，如“秀”shu，非常接近宁波话的shiu。
五是两者语速快，都造成韵母单元音化、鼻音消失现象。像“高”、“好”等字中古双元音韵母，宁波话都读成了单元音，日语汉字音也是。中古读ng尾的汉字，在日语汉字音中基本消失，而近代以来的宁波话ng韵尾先弱化是鼻化音，再是部分新派彻底消失。如“江”日语读kou，宁波话新新派读ko，两者韵母的区别只是日语拖长音。
宁波话和日语汉字音的某些共性，可能会使宁波人学起日语来，比其他方言区来得容易点。，日语和汉语（宁波话）本质上不属同一语系。有人觉得宁波话和日语很像，甚至说日语是宁波话传过去。这种错误结论，究其原因，一是不懂语言学，二是对两种语言都不熟悉。
